A CCDR Alentejo tem por missão executar as políticas de ordenamento do território e cidades ao nível da sua área geográfica de atuação, competindo à DSOT – Direção de Serviços de Ordenamento do Território desenvolver as bases técnicas, a nível regional, da política de ordenamento do território, de cidades e de conservação da natureza.
As suas funções incluem a garantia da elaboração, acompanhamento e avaliação dos instrumentos de gestão territorial assegurando a sua articulação com a implementação do Programa Regional de Ordenamento do Território (PROT Alentejo) e do Programa Nacional da Política de Ordenamento do Território (PNPOT) enquanto instrumento de referência.
Já no que se refere à promoção da Estratégia Nacional da Conservação da Natureza e da Biodiversidade a DSOT tem por funções o acompanhamento da delimitação das áreas que compõem estruturas biofísicas que pela sua sensibilidade, função e valor ecológicos ou pela exposição e suscetibilidade perante riscos naturais, são objeto de proteção especial. Compete-lhe também a emissão de pareceres em matéria de uso, ocupação e transformação do território.